Un jeune homme tente de séduire une femme qui est attirée par son corps mais qui repousse son visage. Désespéré, le jeune homme passe devant un magasin où l’on change les têtes ; il décide donc de changer de tête.

Le voyage de Fando et Lis vers la ville mythique de Tar, censée réaliser les voeux de ceux qui franchissent ses portes.

Hors-la-loi, `El Topo’ défit pour l’amour d’une femme les Quatre Maîtres du Désert. Les ayant vaincus, sa conscience s’élève jusqu’à ce que sa femme le trahisse. Sa nouvelle vie d’homme saint commence alors, et `El Topo’ s’engage dans la libération d’une communauté de parias.

Après une série de procès et de tribulations, un voleur vagabond rencontre un maître spirituel qui lui présente sept personnages riches et puissants, représentant une planète du système solaire. Ensemble, ils entreprennent un pèlerinage vers la Montagne Sacrée afin d’en déloger les dieux qui y demeurent et atteindre l’immortalité.

Le destin d’Elise, une jeune orpheline vivant en Inde et d’un éléphanteau né le même jour qu’elle.

A la suite d’un drame familial, Fenix, petit mime d’un cirque de Mexico, est enfermé dans un hôpital psychiatrique. Huit ans plus tard, il retrouve sa mère. Le cirque n’existant plus, ils errent dans la ville, représentant une pantomime qui se prolonge tragiquement dans leur vie quotidienne, pour le grand malheur de Fenix.

Le prince Meleagre est un futur héritier fortuné. Pour échapper à sa famille qui voudrait récupérer son argent, il se réfugie dans les égouts de la ville où il fait la connaissance de Dima le clochard qui espère un peu de monnaie en échange des services rendus au prince.

Le film est un exercice d’autobiographie imaginaire. Né au Chili en 1929, dans la petite ville de Tocopilla, où le film a été tourné, Alejandro Jodorowsky fut confronté à une éducation très dure et violente, au sein d’une famille déracinée. Bien que les faits et les personnages soient réels, la fiction dépasse la réalité dans un univers poétique où le réalisateur réinvente sa famille et notamment le parcours de son père jusqu’à la rédemption, réconciliation d’un homme et de son enfance.

Dans l’effervescence de la capitale chilienne Santiago, pendant les années 1940 et 50, Jodorowsky, âgé d’une vingtaine d’années, décide de devenir poète contre la volonté de sa famille. Il est introduit dans le coeur de la bohème artistique et intellectuelle de l’époque et y rencontre Enrique Lihn, Stella Diaz, Nicanor Parra et tant d’autres jeunes poètes prometteurs et anonymes qui deviendront les maîtres de la littérature moderne de l’Amérique Latine.